O Arroio Pelotas é um arroio que drena o município de Pelotas, cidade brasileira do estado do Rio Grande do Sul. Possui cerca de 60Km de extensão.
O Arroio Pelotas nasce do encontro de dois outros arroios, o Arroio das Caneleiras e o Arroio do Quilombo. Deságua no Canal São Gonçalo, canal que liga a Lagoa dos Patos à Lagoa Mirim. Possui esse nome em virtude das pelotas, embarcações que transportavam a carne salgada - o charque - produzida pelas charqueadas às suas margens. Patrimônio Cultural do estado do Rio Grande do Sul pela Lei 11.895/2003 elaborada pelo Deputado Bernardo de Souza.